
종합소득세 신고시 복수사업자 연구인력개발비 세액공제 적용여부 A사업장 : 연구소가 있음 B사업장 : 연구소가 없음 종합소득세 신고시 연구개발비세액공제는 어떻게??
A사업장에 연구소가 있고, B사업장엔 없다는 점만으로 연구·인력개발비 세액공제(이하 R&D 세액공제)를 받지 못하는 것은 아닙니다. 종합소득세 신고 시 A·B 사업장을 합산하여 아래와 같이 처리합니다:
✅ 1. 공제 대상 비용은 A사업장에서 발생한 비용만 인정
R&D 세액공제 대상인 연구·인력개발비는 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 통해 발생한 비용에 한정됩니다.
- A사업장: 연구소가 있으므로 인정된 비용만큼 세액공제가 가능합니다.
- B사업장: 연구소가 없으므로 해당 사업장에서 발생한 연구개발비는 공제 대상이 아닙니다.
✅ 2. 공제액 계산은 '종합소득' 전체를 기준으로
복수 사업장의 경우 각 사업장에서의 소득과 비용을 합산하여 종합소득세를 계산합니다.
- A에서 계산된 R&D 비용 공제액이 전체 종합소득에서 차감됩니다.
- B에서 발생한 비용은 공제 대상이 아니므로 무시하고, B의 소득도 합산됩니다.
- 즉, 공제 한도 및 최종 세액은 종합소득 전체(= A+B) 기준입니다.
✅ 3. 공제 절차 및 제출 서류
종합소득세 신고 시, 다음을 함께 제출해야 합니다:
- R&D 세액공제 신청서
- 연구·인력개발비 명세서
- 증빙서류 (연구계획서, 연구노트, 인건비 명세 등)
- 사전심사를 통해 권장 여부 확인 가능
📌 예시
- A 사업장에서 1,000만 원의 인정 R&D 비용 발생 → 일정한 공제율 적용
- B 사업장은 해당 없음
- 공제액은 전체 종합소득(A + B)에 대해 공제되며, 공제 한도와 적용비율은 기업 규모 및 비용 유형에 따라 다름
✅ 정리 요약
구분A사업장 (연구소 있음)B사업장 (연구소 없음)
| R&D 비용 인정 여부 | ✅ 가능 | ❌ 불가 |
| 공제액 | A에서 발생한 인정 비용만큼 적용 | 없음 |
| 세액 공제 적용 기준 | 종합소득(A+B) 기준 | 동일 |
✔️ 다음 단계
- A사업장 관련 연구 인력명세, 비용내역 정리
- 사업자 규모에 맞는 공제율(연구·원천·전략 기술, 일반 연구개발비 등) 적용
- 소득세 신고 시 위 서류 제출
- 가능하면 국세청 ‘사전심사’ 활용 (홈택스 → 증명·등록·신청 → 연구인력개발비 사전심사)
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