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세무대리인- 부동산 임대 사업자가 건물과 토지를 매각했을때

일잘러사무장 2026. 1. 25. 09:10


[세무실무] 임대용 부동산(토지+건물) 매각 시 필수 신고 리스트 3가지

안녕하세요. 부동산 전문 세무대리인입니다.

임대 사업을 하시던 대표님들께서 건물을 매각하고 나면 "이제 양도소득세만 내면 끝인가요?"라고 묻곤 하십니다. 하지만 천만의 말씀입니다. 부동산 임대 사업자가 사업용 자산을 매각하는 것은 단순한 개인의 재산 양도가 아니라 **'사업의 종료'**를 의미하기 때문입니다.

오늘은 부동산 매각 후 자칫 놓치기 쉬운 신고 사항들과 실무 현장에서 발생하는 주의사항을 정리해 보겠습니다.


1. 부가가치세 신고: "건물분"은 세금계산서 발행 대상입니다

많은 분이 간과하시는 사실이 있습니다. 토지는 면세재화이지만, 건물은 과세재화라는 점입니다.

  • 세금계산서 발행: 매매가액 중 **'건물분'**에 대해서는 매수자에게 세금계산서를 발행하고 부가가치세 10%를 별도로 받아야 합니다.
  • 안분계산의 중요성: 계약서에 토지와 건물 가액을 구분하지 않고 총액만 적었다면, 감정평가액이나 기준시가 비율로 안분하여 건물 가액을 산출해야 합니다. (이 과정에서 세무 리스크가 가장 많이 발생합니다.)
  • 실무 팁 (사업 양도): 만약 매수자가 임대 사업을 그대로 승계하는 '포괄양수도' 조건이라면 부가가치세가 제외될 수 있습니다. 단, 요건이 까다로우니 반드시 전문가의 검토가 필요합니다.

2. 양도소득세 신고: "양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내"

가장 큰 세금인 양도소득세입니다. 토지와 건물을 한꺼번에 팔았으므로 전체 시세차익에 대해 신고해야 합니다.

  • 신고 기한: 잔금 청산일(또는 등기접수일 중 빠른 날)이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 예정신고를 해야 합니다.
  • 필요경비 챙기기: 취득 당시 지불한 취득세, 중개수수료는 물론이고, 임대 사업을 하며 지출한 자본적 지출(엘리베이터 설치, 샤시 교체 등) 증빙을 모두 모아야 세금을 줄일 수 있습니다.
  • 주의: 임대료 소득세 신고 시 비용으로 이미 처리한 수선비 등은 양도세 계산 시 필요경비에서 제외(이중공제 불가)되니 주의해야 합니다.

3. 사업자 폐업신고 및 부가세 확정신고

부동산을 매각했다는 것은 더 이상 해당 사업장에서 임대업을 하지 않는다는 뜻입니다.

  • 폐업 신고: 매각 잔금을 받은 후 지체 없이 사업자등록 폐업 신고를 해야 합니다.
  • 폐업 시 잔존재화: 만약 건물을 매각하지 않고 폐업만 하거나, 비사업자에게 양도하는 경우 '폐업 시 잔존재화' 규정에 따라 남아있는 건물 가치에 대해 부가세를 토해내야 할 수도 있습니다.
  • 부가세 확정신고: 폐업일이 속하는 달의 말일부터 25일 이내에 해당 연도 1월 1일부터 폐업일까지의 임대 수입 및 건물 매각분에 대해 부가세 신고를 마무리해야 합니다.

⚠️ 세무대리인이 꼽는 "탈세"로 오해받기 쉬운 위험 사례

사례 A: 건물 가액을 0원으로 적는 경우

"건물이 낡아서 가치가 없으니 토지 값만 받았다"고 주장하며 건물분 부가세를 안 내는 경우가 있습니다. 하지만 국세청은 이를 인정하지 않고 기준시가 등으로 강제 안분하여 부가세와 가산세를 추징합니다.

사례 B: 포괄양수도 요건 미충족

매수자가 임대업이 아닌 다른 사업(예: 본인 사옥으로 사용)을 하려는데도 부가세를 안 내기 위해 포괄양수도로 신고하는 경우입니다. 이는 나중에 '가공의 거래'로 보아 매도자에게 미납 부가세와 무거운 가산세가 부과됩니다.


[요약] 부동산 매각 후 타임라인

시기 할 일 비고
계약 시 토지/건물 가액 안분 결정 포괄양수도 여부 확정
잔금 시 건물분 세금계산서 발행 매수자에게 부가세 수령
폐업 후 25일 내 부가가치세 폐업 확정신고 임대료 + 건물 매출 합산
양도 후 2개월 내 양도소득세 예정신고 지방소득세 10% 별도
익년 5월 종합소득세 합산 신고 타 소득이 있을 경우 필수

마치며

부동산 매각은 사업의 '유종의 미'를 거두는 단계입니다. 하지만 수억 원의 세금이 왔다 갔다 하는 만큼, 국세청의 검증도 매우 날카롭습니다. 특히 건물분 부가세와 양도세의 상호 검증은 갈수록 정교해지고 있습니다.

계약서 도장을 찍기 전, 반드시 세무대리인과 상담하여 최적의 절세 방안(포괄양수도 가능 여부 등)을 먼저 찾으시길 권장합니다.

 

 

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